Коллега по работе прислал ссылку на подборку статей (к сожалению, на английском языке), в которых приводились аргументы, почему не надо на MS SQL сервере делать сжатие (Shrink) баз данных, а тем более регулярно в автоматическом режиме.
Приведённые примеры показались убедительными и сжатие мы отключили, а заодно и поигрались с настройками файлов (добавили свободного места, изменили правила приращения).
Теперь в каждом файле основной базы данных (мы крупные связанные части базы данных выносим в отдельные файлы) у нас свободно места на полгода-год (учитывая прогнозируемую скорость роста), а также увеличение размера (приращение) файлов идёт по 512-1024МБ (про проценты лучше сразу забыть).
У нас установлено по 1ГБ - проблем пока не замечено.